工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰...

　　随着陨石降落在地球上，被称为妖魔的外星人开始在地球上肆意破坏。在美加洛市科学家美摩莉.吉恩，福里兹和基尔霸.梅休为对付妖魔而开始研究高科技武器。此期间，美摩莉的弟弟的雷米尼斯.吉恩在实验中因意外死亡。而基尔霸则漏出真面目：他其实是妖魔的领袖！基尔霸几乎杀死了美摩莉，幸好美摩莉被福里兹所救。　　外壳电波和声波武器研制成功。对抗妖魔的基地也建立了起来，为了在战争一旦打响时能在第一时间保护孩子，美摩...

　　正气村里有个正气大侠。正气大侠很正气，他还有一群正气的朋友，分别是石头、剪刀、布。他们在关键时刻，总能赶到，支援正气大侠。正气大侠还有个小女友。正气大侠的武器是正气棒，他的女友则有个魔法棒。和正气大侠作对的是坏小子。坏小子爱好发明，总用他自己发明出来的东西对付正气兄弟们。而坏小子再坏，也有个对他死心塌地的小女仆。就这样，正义大侠和坏小子的争斗不断上演，不管坏小子的发明有多么高超，总能被正义大侠...

　　小学生龟山则安（南央美 配音）有每天写日记的习惯。心想在学校里一些真实的事情写出来，也没人会看见也不害羞。这天他发现日记被妈妈龟山安江（松井菜樱子 配音）和妹妹龟山玉江（间宫くるみ 配音）偷看了，小秘密被曝光了则安觉得很丢脸，于是他就改成写说谎话日记，被偷看了也不丢脸。他先写了妈妈的头伸长，结果妈妈的头真的伸长了，吓得他赶紧擦掉，妈妈恢复了原样。后来写了晴天有猪，结果又实现了，他赶紧擦掉还漏擦...

　　日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。　　但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同...

...

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北...

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。...

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问的铃木次郎吉（富田耕生 配音）一骑绝尘，以三亿美元天价将其收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木宣布将联系分散在世界各地收藏家手中的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎（小山力也 配音）、展览企划负责人圭子?安德森（榊原良子 配音）、画作鉴定师宫台夏美（荣...

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事...